Après quatre saisons passées sous le maillot du club argentin d'Huracan, où il fut lancé chez les professionnels par la légende stéphanoise Oswaldo Piazza, Alejandro Alonso débarqua discrètement en Gironde en 2005, repéré par Charles Camporro.

Peu utilisé au début de sa première saison, timide sur le terrain et dans la vie de groupe, envoyé parfois en réserve pour trouver du temps de jeu, il parvint ensuite à séduire son nouvel entraîneur, Ricardo. Au final, il accomplit durant trois saisons des prestations assez satisfaisantes, sous les ordres de Ricardo, devenu son mentor, puis de Laurent Blanc. Avide de connaître une nouvelle expérience et de signer un contrat avantageux financièrement, il quitta les Girondins, seconds du championnat, pour l'AS Monaco.

Depuis la Principauté, il assistera au sacre des marine et blanc en 2009. Il dut mettre un terme prématurément à sa carrière à l'âge de 30 ans, victime d'une spondylarthrite ankylosante.