Né à Lyon de parents camerounais et congolais, Malcom Bokele Mputu grandit dans le quartier Paul-Santy. Il commença le football dans le club de l'AS Bellecour Perrache, avec son petit frère Morgan. Tous les deux rejoignirent ensuite les rangs de l'Olympique lyonnais. Mais, confronté à de nombreuses blessures dues à une croissance trop rapide, Malcom ne fut pas conservé par le club rhodanien et, après trois saisons, il rebondit à l'Eveil de Lyon puis au FC Lyon. 

A 17 ans, sa trajectoire bien sinueuse le conduisit ensuite à Bourg-Péronnas où il découvrit les exigences des championnats nationaux. Remarqué deux ans plus tard par le FC Metz, il intégra la réserve du club lorrain et signa un contrat stagiaire. Apparu avec les pros lors d'un match amical, il ne fut pas conservé au terme d'une seule saison et se retrouva durant l'été 2020 sans club.

Ce furent les Girondins de Bordeaux qui lui offrirent une nouvelle chance quand en octobre 2020 ils le recrutèrent pour intégrer l'équipe réserve. Ignoré par Gasset puis Petkovic, il signa néanmoins son premier contrat professionnel. Il découvrit également les honneurs de la sélection U23 du Cameroun, pays de sa maman, durant l'automne 2021. Condamné à évoluer en réserve, il fit l'objet d'un prêt en janvier 2022 au FC Villefranche Beaujolais. Titulaire dans cette formation de National, il participa à la course pour la montée en L2.

De retour en Gironde en juin 2022, le Franco-Camerounais saisit immédiatement sa chance au sein de l'équipe première reléguée en L2. Il s'installa dans le couloir droit de la défense, souvent préféré à Clément Michelin. Il apporta son dynamisme et son enthousiasme à un groupe qui échoua malheureusement de peu dans son objectif de remontée immédiate en L1. Cette bonne saison s'accompagna de sa première sélection en A au printemps.

Durant l'été 2023, il aurait aimé quitter les Girondins pour, comme ses amis Mwanga et Bakwa, connaître le haut niveau. Hélas, pour lui, il ne parvint pas à trouver un club pour l'accueillir. Aussi, mis sur la touche par David Guion, il profita des mauvais résultats, des prestations en demi-teinte de Michelin ou des blessures pour retrouver le terrain.

Son aventure en Gironde, comme pour tous ses coéquipiers, prit fin avec la rétrogradation administrative des Girondins. Il quitta le club pour rejoindre la Turquie et le Göztepe SK.