Attaquant au profil et au parcours atypiques, Piet Den Boer devint footballeur professionnel qu'à 22 ans. Auparavant, il exerça la profession d'agent commercial.

Débutant sa carrière au CVV Rotterdam, il la poursuivit au Xerxes, également à Rotterdam, avant d'opter par la suite pour l'Excelsior. Avec cette formation, il devint meilleur buteur du Championnat de D2 des Pays-Bas, lors de la saison 1981-1982, et accéda à la Première division.

Ne suscitant pas l'intérêt des grands clubs de son pays, il s'exila en Belgique pour connaître autre chose, au FC Malines (D2 belge) pendant 7 ans. Il participa à l'avènement de ce club au niveau national, en marquant en finale de la Coupe de Belgique en 1987. Sur la scène européenne, le FC Malines remporta la Coupe des Coupes en 1988, face à l'Ajax Amsterdam, grâce à un nouveau but décisif de Den Boer. 

Quand Raymond Goethals revint sur le banc des Girondins en 1989, il demanda à Claude Bez et à Didier Couécou de faire signer le géant néerlandais. Les supporters bordelais étaient plus circonspects, se souvenant du passage décevant de Uwe Reinders. Mais Den Boer fit rapidement le bonheur de ses employeurs, même s'il ne resta qu'une seule saison avec un bilan honorable (18 buts marqués en 41 matches). Son entente avec Jesper Olsen et Klaus Allofs fut une des clés de la réussite de cette saison au cours de laquelle Bordeaux termina vice-champion.

Piet Den Boer signa à Caen avant de retourner, deux ans plus tard, en Belgique. Son remplaçant à Bordeaux, Wim Kieft, ne parvint pas à le faire oublier.