Né en Algérie, Jean-Charles De Bono grandit à Marseille, ville dans laquelle ses parents décidèrent de s’installer. Il fit ses premiers pas de footballeur dès l'âge de 8 ans, dans le club de quartier, aux Cheminots de la Grande-Bastide. En 1975, il se fit remarquer par l’OM et intégra le centre de formation du club provençal.

Finaliste de la Coupe de France Cadets en 1976, il remporta la Coupe Gambardella en 1979. Pilier de l'équipe réserve, il devint membre de la fameuse équipe des Minots qui participa au sauvetage de l'Olympique de Marseille. En effet, en avril 1981, l'équipe réserve remplaça lors des 7 dernières journées du championnat de D2 les professionnels victimes d'un licenciement économique et évita une relégation en D3. Il figura par la suite dans l'équipe qui fit remonter Marseille en D1 en 1984. 

Il ne parvint pas à se faire une place au soleil à Marseille et signa en 1985 aux Girondins, en même temps que son coéquipier Marc Pascal. Arrivé dans une équipe championne de France, il n'eut pas plus de temps de jeu.

La seconde saison, il fut même relégué en équipe réserve. Il quitta alors les Girondins pour Bastia, puis revint terminer sa carrière dans les rangs amateurs de l'US Endoume.