Formé à l'Olympique de Marseille, Michel Flos fut un des Minots qui permirent au club phocéen de remonter en Première division en 1984.

Il poursuivit sa carrière dans des clubs du Sud de la France comme Cannes, Alès ou Endoume. Lorsque Rolland Courbis retrouva le monde professionnel après son passage dans ce petit club marseillais, il l'amena dans ses bagages aux Girondins en juin 1992,comme joueur de complément.

Mais il ne participa qu'à une seule rencontre en Coupe de France et comprit qu'il devait aller ailleurs pour trouver du temps de jeu.