Débutant le football au sein du petit club de l'agglomération lyonnaise, l'AS Brosses de Villeurbanne, Laurent Fournier rejoignit à 15 ans l'Olympique Lyonnais. Sous le maillot des Gones, il fut l'un des plus jeunes joueurs du football professionnel français puisqu'il débuta en équipe première alors qu'il n'était que cadet. Sa carrière le conduisit par la suite vers Saint-Etienne en 1988, club où il s'était pourtant promis de ne jamais signer, lui l'ancien Gone. Mais attiré par la perspective de retravailler avec Robert Herbin, croisé à Lyon, il y resta deux saisons. 

En 1990, Laurent Fournier passa de l'ordinaire à l'extraordinaire en rejoignant Marseille, puis le Paris SG. Il connut dans la capitale de grands succès avant de la quitter en juillet 1994, en même temps que son mentor Artur Jorge.

Désireux de connaître un nouveau challenge, il choisit les Girondins. Même s'il accomplit une saison pleine (41 matches toutes compétitions confondues), il n'avait pas fait le deuil de son expérience parisienne. De plus, la saison avait mal débuté à cause d'un problème avec son manager au moment de son arrivée, rendant ses relations avec les dirigeants bordelais compliquées. Il ne resta qu'une saison en Gironde et retourna dans la Capitale gagner une Coupe des Coupes en 1996.

Il termina sa carrière à Bastia lors de la saison 1998-1999. Au bout de 5 petits matches, il raccrocha les crampons et prit en main le Sporting, mal en point. Ce furent ses débuts comme technicien qu'il poursuivit ensuite à Pacy, PSG, Nîmes, Créteil, Strasbourg, Auxerre, Red Star, Créteil, Poissy...