Philippe Goubet ne connut (presque) qu'un seul club professionnel : les Girondins de Bordeaux ! En effet, il fut prêté une saison, en 1967-1968, pour qu'il s'aguerrisse à Paris-Neuilly (D2).

Grand espoir du football bordelais, il fut sélectionné en équipe de France Juniors en 1968 et participa au championnat d'Europe de la catégorie. S'il disputa une rencontre de D1 à Lens en avril 1968 au sein d'une formation largement remaniée, il intégra pleinement l'équipe professionnelle en 1971 et n'abandonna pas son statut de titulaire jusqu'en 1979. A peine âgé de 30 ans, il prit sa retraite de joueur et remplaça Bernard Michelena à la tête de la réserve bordelaise. Nommé pour structurer le club au niveau de la formation, il lui arrivait parfois d'entrer en jeu en Division 3.

Serviteur du club, il occupa ainsi les fonctions de directeur du centre de formation jusqu'en 1989. Licencié pour restrictions budgétaires, il partit ensuite exercer dans des destinations plus ou moins exotiques avant de revenir en Gironde et de se voir confier le rôle de recruteur pour le centre de formation des Girondins (2005-2012). Il prit sa retraite et fut remplacé par Yannick Stopyra.