Repéré au Red Star par le Stade Malherbe de Caen, Yoann Gouffran rejoignit la Normandie à l'âge de 15 ans. Champion d'Europe U19 en 2005, Yoan Gouffran débuta très tôt sa carrière professionnelle et se bâtit rapidement une belle réputation. Lors de la saison 2005-2006, malgré des prestations remarquées, il ne parvint pas à hisser Caen en L1. Nommé meilleur joueur de L2 en 2007, il fut sur le point de signer au PSG mais il resta une saison de plus en Normandie. Finalement il céda aux avances des Girondins et de Laurent Blanc, un an plus tard, en 2008.
Si ses débuts en Gironde furent timides, il fut le joueur qui offrit le titre de champion de France en 2009 en marquant le but décisif.
Par la suite, il peina à confirmer les espoirs placés en lui. Replacé avant-centre par Francis Gillot en 2011-2012, il réalisa sa meilleure saison bordelaise.
Désireux de quitter les Girondins depuis plusieurs mois, il fut transféré à six mois de la fin de son contrat à Newcastle lors du mercato hivernal de 2013.
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