Formé au Stade Malherbe, puis parti à Cherbourg (National), Frédéric Guilbert signa aux Girondins à 20 ans pour terminer sa formation. Il saisit la deuxième chance que le club bordelais lui offrit et gagna rapidement ses galons de capitaine de l'équipe réserve.
Puis il s'imposa sur le flanc droit de la défense de l'équipe première lors de la saison 2015-2016 avant d'être sorti de l'équipe par Jocelyn Gourvennec.
Il demanda alors à changer d'air et fut dans un premier temps prêté à Caen, avant d'y être transféré définitivement. Il poursuivit sa carrière à Aston Villa, Strasbourg puis Lecce.
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