Débutant le football dans le club de Bassens, Younes Kaabouni fut recruté par les Girondins à l'âge de 12 ans. Il grimpa tous les échelons de la formation, hormis un passage par Arlac durant 2 ans, avec comme apothéose la victoire en Coupe Gambardella en 2013.
Dès la saison suivante, Francis Gillot lui offrit de rares opportunités pour s'exprimer en L1. Mais le plus souvent, il joua avec l'équipe réserve dont il fut le capitaine. Willy Sagnol crut encore plus fort en lui et le fit apparaître à 13 reprises avec l'équipe première.
En 2015, il fut prêté au Red Star mais cette expérience ne fut pas concluant. De retour dans son club formateur, il végéta en CFA2 durant deux saisons. Durant l'été 2017, il effectua un essai non satisfaisant au CSKA Sofia.
Mais l'heure du départ n'allait pas tarder à sonner. Il fut laissé libre par les dirigeants bordelais. Au chômage durant quelques mois, il rebondit au FC Sochaux en janvier 2019. Après des débuts en équipe réserve, il s'imposa en équipe première et fut même élu meilleur Sochalien de la saison 2019-2020.
Mais l'histoire avec le club franc-comtois se termina mal puisqu'en mars 2023, Younès Kaabouni et le FC Sochaux trouvèrent un accord pour résilier le contrat du milieu de terrain franco-marocain, qui devait se terminer au mois de juin. En effet depuis la prise de fonction d’Olivier Guégan durant l’été 2022, l’ancien Bordelais n’entrait plus dans les plans du FCSM. D’abord au placard, puis réintégré aux entraînements du groupe professionnel, il avait de nouveau disparu des radars après la Coupe du Monde.
Sans club, il revint en septembre 2024 aux Girondins pour aider le club à se reconstruire.
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