Formé au club, Jacques Lavoignat appartenait à l'effectif professionnel des Girondins de Bordeaux au tout début des années 80. Même s'il profita de l'absence de joueurs cadres pour intégrer les entraînements conduits par Aimé Jacquet, il ne quitta jamais l'équipe réserve le week-end, dont il porta fréquemment le brassard de capitaine.

En 1981, il alla tenter sa chance en Deuxième division, au Gazélec Ajaccio, où il accomplit une saison correcte.