En vrai Basque, Bernard Michelena débuta par la pelote et le rugby. Il ne se retrouva dans la cage de l'Aviron Bayonnais qu'à 15 ans. Monté à Bordeaux pour suivre des études de professeur d'EPS à l'UREPS de Bordeaux, il prit une licence au Bordeaux EC.

De bonnes prestations en Coupe d'Aquitaine attirèrent l'intérêt de Jean-Pierre Bakrim, alors recruteur des Girondins. Il enfila pour la première fois le maillot marine et blanc en 1963, au sein des rangs amateurs, sous la houlette de Pierre Danzelle. Il effectua ses débuts en D1 lors d'un Bordeaux-Rennes d'octobre 1965.

Il accomplit, hormis une saison en prêt à Paris-Neuilly en 1967-1968,  l'intégralité de sa carrière au sein des Girondins. Remplaçant attitré de Jean-Claude Ranouil, Christian Montes ou Philippe Bergeroo, il ne signa jamais de contrat professionnel.

A l'issue de sa carrière, il devint entraîneur au sein du club bordelais, commençant à la tête de l'équipe réserve en juin 1974. Il devint ensuite, en juillet 1978, entraîneur-adjoint de l'équipe première sous la direction de Luis Carniglia. Lorsque celui-ci démissionna, il assura un bref intérim à l'automne 1979.

A la fin de la saison 1979-1980, il prépara l'arrivée d'Aimé Jacquet, occupé à jouer les barrages avec Lyon, en mettant, en relation avec le futur entraîneur bordelais, tout en place. Et ce fut  donc comme fidèle adjoint qu'il marqua l'histoire du club bordelais, étant le premier entraîneur spécifique pour les gardiens de but en D1 française, et un préparateur physique de très haut niveau. À ce poste, il participa aux grands succès des années 80.

C'est donc surtout en qualité d'entraîneur-adjoint, et au sein de l'attelage qu'il composait avec Aimé Jacquet, qu'il marqua l'histoire des Girondins.