Né dans une famille d'origine congolaise, Junior Mwanga fit ses premiers pas dès la catégorie U8 dans le petit club de la métropole lyonnaise, le C.A.S. Cheminots Oullins. En U14 il rejoignit le FC Lyon, club historique de la région lyonnaise.
Réserviste dans un premier temps, il s'imposa dans l'équipe qui atteignit les quarts de finale du championnat U17 National. Courtisé par le grand voisin de l'Olympique Lyonnais, en 2019, il s'engagea à la surprise générale avec les Girondins de Bordeaux. L'expérience malheureuse de son demi-frère, non retenu par le centre de formation de l'OL, ne l'incita pas à l'imiter.
Au sein du club des Girondins, il intégra rapidement les U19 nationaux avant de s'imposer de façon fulgurante en équipe réserve. Il formait alors la charnière centrale avec son ami de longue date, également originaire de la région lyonnaise, Malcom Bokélé.
La saison catastrophique des professionnels bordelais boosta sa carrière personnelle. David Guion lui fit goûter la L1 lors de l'ultime journée de championnat sur la pelouse de Brest. Pour repartir en L2, le technicien bordelais lui maintint sa confiance, confiance matérialisée par la signature durant l'été 2022 de son premier contrat professionnel. Aligné en défense centrale avant que Yoann Barbet puisse être qualifié par les instances de la Ligue, il fut par la suite intégré au milieu de terrain. En novembre 2022, ses performances ne passèrent pas inaperçues et lui ouvrirent, pour la première fois de sa carrière, les portes d'une sélection nationale, celle des U20. Les dirigeants bordelais le privèrent même d'une participation à la Coupe du Monde de cette catégorie, preuve de son importance dans le groupe...
Emoussé physiquement lors du sprint final du championnat, il ne put, avec ses coéquipiers, valider l'accession des Girondins en L1. Mais cette première saison chez les professionnels fut réussie et aboutie. Elle ne laissa pas les recruteurs insensibles. Aussi, les Girondins, financièrement en difficulté, décidèrent en août 2023 de le transférer au RC Strasbourg, accompagné par Dilane Bakwa, pour un montant total de 19 M€.
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