Issu d'une famille très modeste, orphelin de père dans sa jeunesse, Jean Emile Junior Onana intégra à 16 ans la Nkufo Academy après avoir été repéré dans les parties improvisées dans le quartier de la Cité Verte. Il y fit ses classes durant 3 ans avant de réaliser son rêve : rejoindre l'Europe pour y mener une carrière professionnelle.

Après des essais sans lendemains en Estonie, en Norvège et enfin au Portugal, il rejoignit le club de D2 portugaise de Leixoes. Après une saison avec les U23, il ne connut qu'une seule apparition dans l'antichambre de la Superliga. Mais cela ne l'empêcha pas d'être repéré par les équipes d'Admar Lopes, ancien bras droit de Luis Campos au LOSC. Il fila alors dans le Nord-Pas-de-Calais en janvier 2020.

Souffrant de la concurrence féroce au milieu de terrain lillois et de l'interruption du championnat à cause du Covid-19, Junior Onana ne parvint pas à faire l'étalage de ses qualités. Au bout de 6 mois, il fut prêté à Mouscron, autre club de la galaxie Lopez. En Belgique, il acquiert de l'expérience.

De retour au LOSC en juillet 2021, avec une blessure musculaire, il s'entraîna à part avant d'être poussé vers la sortie par les nouveaux dirigeants lillois. Il suivit alors Admar Lopes aux Girondins.

En Gironde, il connut des débuts très prometteurs avant de s'éteindre comme tout le reste de l'équipe. Au sein d'un effectif en perdition, il n'accomplit que des performances en dents de scie et appartint à l'équipe qui envoya les Girondins en Ligue 2.

Il débuta la préparation de la saison 2022-2023 avec le club bordelais, attendant qu'une porte de sortie s'offrit à lui. A la toute fin du mercato estival, il s'engagea avec le RC Lens. 

Il enchaîna ensuite des expériences peu convaincantes à Besiktas, puis à Marseille.