Après avoir signé sa première licence dans un petit club de la banlieue montpelliéraine, les Aiguerelles, Jean-Christophe Rouvière rejoignit en pupilles 1ère année la Pompignane, club du quartier où il grandit. Un an plus tard, il portait le maillot du Montpellier HSC, en pupilles 2ème année. Il se mit rapidement en évidence puisqu'il connut toutes les sélections nationales, des minimes jusqu'aux militaires.
Sa carrière montpelliéraine, tranquille et linéaire, avec en point d'orgue le capitanat de l'équipe première, prit fin quand il signa aux Girondins de Bordeaux, récents champions de France 1999. Le contrat était de 5 ans, preuve des espoirs que fondait le club bordelais sur ce jeune joueur.
Venu pour remplacer Lassina Diabaté, il éprouva des difficultés à trouver sa place au milieu de terrain. Durant le mercato hivernal, Elie Baup réclama un renfort dans l'entrejeu. Sylvain Legwinski débarqua, s'imposa et sonna le glas des espoirs de l'ancien Montpelliérain. Il ne prit part qu'à une seule rencontre dans la deuxième partie de la saison.
Placé sur la liste des transferts, Elie Baup n'en voulant plus, il remonta la Garonne et signa au Toulouse FC. Par la suite, il porta de nouveau les couleurs de Montpellier avant de finir sa carrière à Nîmes.
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