Tapant ses premiers ballons à l'US Pierrefitte, Younousse Sankharé fut repéré par le Paris SG qu'il intégra à l'âge de 12 ans. Il suivit toute sa formation au sein du club francilien et débuta en L1 avec lui. Mais, barré par la politique de stars du PSG, il connut de nombreux clubs avant d'atterrir en Gironde, passant par Reims, Dijon, Valenciennes, Guingamp et Lille. 

Recruté dans les dernières heures du mercato hivernal 2017, il fut tout de suite performant, marquant notamment 5 buts en 6 mois, score notable pour un milieu de terrain.

Sa deuxième saison fut sa meilleure individuellement sous le maillot bordelais. Il marqua notamment 10 buts en 2017-2018, devenant un homme de base de Gourvennec puis de Poyet. Mais son passage aux Girondins se termina mal. Placé dans le groupe des « Lofteurs », joueurs que Paulo Sousa ne voulait plus à l'intersaison 2019, il fut mis à pied par le club en septembre pour des problèmes de comportement. Son contrat était officiellement rompu en novembre 2019.

Après quelques mois passés au chômage, il s'exila au CSKA Sofia en 2020 avant de porter le maillot du Panathinaïkos puis Giresunspor.

Sans club depuis février 2022 et son départ de Turquie, il reprit, à 35 ans, une licence au FC 93 Bobigny, club de National 2, en octobre 2024.