Formé à Troyes, Paul Bernardoni débuta très jeune en Ligue 1 dans les rangs de son club formateur. Il se mit rapidement en évidence, démontrant des qualités remarquables pour son jeune âge.

A la recherche d'un gardien pour suppléer Cédric Carrasso, gravement blessé, Willy Sagnol jeta son dévolu sur le Champenois. Mais il trouva en Gironde un terrain miné, notamment avec un Jérôme Prior, gardien réserviste, peu décidé à laisser passer l'occasion de devenir titulaire. Il ne parvint donc pas à faire l'étalage de ses qualités prometteuses.

Prêté dans un premier temps, il s'engagea néanmoins définitivement avec les Girondins. Mais confronté au retour dans les cages de Carrasso, il fut relégué en troisième position dans la hiérarchie des gardiens bordelais. Ainsi il ne disputa aucune rencontre lors de la saison 2016-2017.

Désireux de jouer, il fut prêté à Clermont (2017-2018) puis à Nîmes (2018-2020).

Au final, il n'eut jamais réellement sa chance à Bordeaux, les dirigeants bordelais lui préférant un gardien expérimenté comme Benoît Costil. En juin 2020, il fut transféré au SCO d'Angers. Une clause prévoyant un intéressement des Girondins à d'éventuelles sélections en équipe de France A prouve que ce joueur est prometteur.

Hélas sa carrière fut loin d'atteindre les sommets espérés. Des choix douteux (Saint-Etienne, Konyaspor, Yverdon) démontrent le caractère sinueux de ses différentes expériences.