Bien que natif de Bordeaux, Jean Domenger commença sa carrière de footballeur professionnel dans les rangs du FC Nantes. Avec les Canaris, il ne connut que la D2. Il marquait fréquemment et sa saison 1954-1955 couronnée par 19 buts lui ouvrit les portes de la D1 en signant aux Girondins de Bordeaux.

En effet, supplantés par Toulouse pour l'acquisition de Di Loretto, les dirigeants bordelais se rabattirent sur Jean Domenger. Malheureusement pour l'ancien Nantais, il ne resta qu'une seule saison en première division, Bordeaux étant relégué à la fin de l'exercice 1955-1956. Il faut dire que les 4 petits buts marqués par Domenger n'aidèrent guère le club à se maintenir.

Il retrouva donc la D2 mais ne marqua que très peu (2 buts). Il quitta donc les Girondins sur ce bilan médiocre et rejoignit Perpignan, dans le cadre d'un échange avec le buteur Edmond Boulle.