Repéré lors de la Coupe nationale à Vichy, par Thierry Play, recruteur pour le compte de l'AS Cannes, Julien Faubert évoluait en Normandie, sous le maillot du FC Frileuse, petit club de la banlieue havraise qui avait vu passer Souleymane Diawara notamment. Il franchit le pas à 15 ans et s'exila au bord de la Méditerranée.
Son envie de progresser lui permit de fréquenter très rapidement les rangs de l'équipe première puisqu'il fit sa première apparition à 18 ans. Devenu un leader de l'équipe azuréenne, il rejoignit les Girondins durant l'été 2004. Pris sous son aile par l'ancien Cannois, David Jemmali, il s'imposa très rapidement dans le couloir droit et débuta même en équipe de France deux ans plus tard.
Après trois saisons plutôt réussies avec Bordeaux, il signa à West Ham. Mais son expérience en Premier League fut un échec, tout comme son passage au Real Madrid ou en Turquie.
Il revint en Gironde pour s'entraîner avec l'équipe réserve et durant les dernières heures du mercato hivernal 2013, il s'engagea avec le club bordelais. Durant deux ans et demi, il ne fit plus d'étincelles et ce fut sans surprise que son contrat ne fut pas prolongé en juin 2015, le laissant sans club.
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