Arrivé à tout juste 15 ans, en provenance du Sportivo Belgrano de Cordoba, Juan Pablo Francia fut le premier des Argentins à venir au centre de formation des Girondins. Enrôlé au mois de janvier 2000, il ne put, faute de licence, jouer pendant 6 mois, se contentant des seuls entraînements. Il commença par une saison en DH avec Patrick Battiston avant de rejoindre la CFA2 de Jean-Louis Garcia. Il profita du limogeage d'Elie Baup et de son remplacement par Michel Pavon pour s'imposer en équipe première.
Mais l'arrivée de Ricardo au poste d'entraîneur le poussa à nouveau sur le banc, tout comme lors de la venue de Laurent Blanc. Au mois d'août 2007, il quitta précipitamment Bordeaux pour retourner en Argentine pour raisons personnelles. Il ne reporta plus jamais le maillot frappé du Scapulaire.
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