Fils de Pepito, attaquant de l'OM dans les années 60, Michel Pavon débuta sa carrière de footballeur à l'ES La Ciotat. Repéré par le Toulouse FC, il intégra le centre de formation avant de découvrir la D1 avec son club formateur en 1986 au poste d'attaquant. Il resta en Haute-Garonne jusqu'en 1994, date à laquelle il rejoignit Montpellier. Sa carrière avait du mal à décoller, ne trouvant le chemin des filets que rarement dans une saison.
Recruté en juillet 1996 par les Girondins de Bordeaux, il participa à la reconstruction de l'équipe. Rolland Courbis eut alors une idée qui allait bouleverser la suite de la carrière du Méridional : fixer Pavon en position de milieu défensif axial. Très vite, il parvint à s'imposer dans l'entrejeu bordelais aux côtés de Micoud, Ziani, Ba ou Luccin.
Promu capitaine par Elie Baup lors de la saison 1997-1998, il confirma le poids qu'il avait pris dans l'équipe. Sa montée en puissance ainsi que celle de ses partenaires trouva son apogée avec l'obtention du titre de champion de France en 1999. La digestion du titre fut un peu compliquée. Bordeaux termina 4ème en 2000 et perdit en demi-finale de la coupe de France contre les amateurs de Calais.
Désireux de connaître une expérience à l'étranger et de négocier un dernier bon contrat, il partit au Betis Séville à la toute fin du mercato estival 2000. L'expérience tourna court. Victime d'une grave blessure au genou, il resta à l'infirmerie presque toute la saison (10 matches disputés seulement) et raccrocha les crampons au terme d'une seule saison en Andalousie.
Mais Michel Pavon, très attaché à la région et au club bordelais, n'hésita pas quand Jean-Louis Triaud lui proposa le poste d'entraîneur en octobre 2003 après le licenciement d'Elie Baup. Il ne parvint pas à relancer véritablement l'équipe, qui termina 12ème. Confirmé dans ses fonctions à l'orée de la saison 2004-2005, il connut les pires difficultés à améliorer la situation sportive du club. Victime d'une péricardite d'origine virale, il fut contraint en céder sa place en mars 2005 à son adjoint Eric Bédouet. Celui-ci assura péniblement le maintien du club marine et blanc. Michel Pavon poursuivit sa collaboration avec les Girondins en qualité de membre de la cellule de recrutement. Quand Jean Tigana fut nommé entraîneur de l'équipe première en 2010, il fut imposé par Jean-Louis Triaud au poste d'entraîneur adjoint. Mais des dissensions entre les deux hommes provoquèrent son départ définitif du club en février 2011, sous la forme d'un licenciement.
