Né à Sao Paulo, Malcom débuta le football aux Corinthians. Lors du mercato hivernal 2016, Wahbi Khazri signifia aux dirigeants bordelais qu'il voulait partir en Premier League. Les Girondins activèrent leurs réseaux et recrutèrent Malcom pour 5 M€ (50 % des droits du joueur).

Même s'il connut des premiers mois assez difficiles, Malcom montra rapidement tout ce qu'il pouvait apporter au groupe marine et blanc. Pour sa première saison complète, il s'imposa à seulement 19 ans comme un titulaire indiscutable de la formation entraînée désormais par Jocelyn Gourvennec. Bordeaux termina 6^ème, Malcom joua 45 matches et marqua 9 buts.

Propulsé leader technique des Girondins, il prit une nouvelle dimension sur le terrain et dans le club, devenant la principale valeur marchande de l'effectif.

En juillet 2018, son départ était devenu inéluctable. Après des tergiversations, il préféra signer au FC Barcelone plutôt qu'à l'AS Roma. Il est à l'heure actuelle la plus grosse vente réalisée par les Girondins.

Il ne resta qu'une seule saison en Catalogne avant de rejoindre le Zenith Saint-Pétersbourg puis Al-Hilal. Ces choix de carrière assez surprenants sur le plan sportif ne l'empêchèrent pas de fêter 2 sélections en équipe A du Brésil durant l'été 2023.