Intégrant à l'âge de 19 ans les rangs du Real Union Club d'Irun, club phare à l'époque d'Espagne, Jaime Mancisidor fut contraint de fuir la guerre civile espagnole.

L'ancien capitaine d'Irun arriva à Bordeaux en 1936 précédant son mentor Benito Diaz et son coéquipier Santiago Urtizberea. En 1937, au sein d'une équipe constituée de joueurs comme André Gérard, Roger Catherineau ou Pierre-Michel Miramon, il remporta le Challenge Jules-Rimet (champion de France amateurs), occasion de s'affirmer aux yeux de la France du football.

Désigné capitaine à partir de 1939, il rayonna sur une formation qui enchantèrent les spectateurs bordelais malgré un classement moyen en Deuxième division. Avec le début de la seconde guerre mondiale, les compétitions furent mises au second plan. Les Girondins remportèrent des succès probants comme la Coupe de France en 1941, malgré l'absence de joueurs prisonniers des Allemands. Une première historique ! Mancisidor fut le premier capitaine des Girondins à soulever un trophée professionnel. Malgré l'intérêt réitéré maintes fois du Real Madrid, ce joueur considéré comme le meilleur arrière de France resta fidèle à Bordeaux.

Mais l'envie de retourner au pays fut bientôt le plus fort. Il disputa son dernier match sous les couleurs girondines en mars 1942, lors d'une demi-finale de Coupe de France, perdue contre le Red Star. Il signa à la Real Sociedad pour des raisons familiales, facilement compréhensibles en cette période de conflit mondial. Son départ fut considéré comme une vraie perte car il peut être considéré comme l'un des plus grands défenseurs de l'histoire des Girondins.