Né à Paris, Sylvain N'Diaye suivit à 9 ans sa mère, médecin, partie s'installer à Saint-Salvadou, petit village aveyronnais. Il s'inscrivit alors dans le club de Morlhon-le-Haut près de chez lui. Il rejoignit ensuite Rodez et ne connut donc pas les centres de formation. Âgé de 17 ans, il effectua deux saisons de très bonne facture avec le club aveyronnais, des performances qui attirèrent les recruteurs girondins.
En juillet 1995, à 19 ans, il signa à Bordeaux pour évoluer avec l'équipe réserve. Il décida d'abandonner ses études à la fac de sport pour se consacrer pleinement au football. Mais Bordeaux ne fut pas véritablement son tremplin. Ni Muslin, ni Rohr ne lui donnèrent une chance. L'entraîneur franco-allemand lui conseilla néanmoins de reculer d'un cran au milieu de terrain et de prendre un rôle plus défensif.
Pour sa 3ème année bordelaise, Rolland Courbis lui fit signer son premier contrat professionnel mais ne le fit jouer en match officiel qu'une seule fois : en janvier 1997, il disputa 4 petites minutes contre Nice, en remplaçant Johan Micoud.
Pour acquérir du temps de jeu, il fut prêté en 1997-1998 au FC Martigues. Il ne put empêcher la relégation en National du FC Martigues mais disputa 34 matches. De retour à Bordeaux, il ne fréquenta que l'équipe réserve.
Alors, en janvier 1999, il quitta les Girondins pour rejoindre le club belge de La Gantoise. Sa carrière démarra véritablement à Toulouse, puis à Lille, à Marseille...
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