Formé au Nîmes Olympique, Lionel Perez rejoignit les Girondins en juillet 1993 comme doublure de Gaëtan Huard. Il joua très peu durant les deux saisons qu'il passa en Gironde, la répartition des rôles entre les deux gardiens étant bien claire.

Avide de jouer, il demanda à être prêté en 1995, acceptant de redescendre d'un cran et de signer au Stade Lavallois. Il n'y demeura qu'une saison avant de revenir en Gironde participer à la préparation estivale.

Mais Rolland Courbis fut sans équivoque avec lui en lui annonçant qu'il ne comptait pas sur lui et que Gilbert Bodart était le titulaire indiscutable. Alors, Lionel Perez choisit de traverser la Manche et de rejoindre des clubs anglais de second rang, comme Sunderland. Il était notamment dans la cage de cette formation de Premier League quand Eric Cantona marqua d'un ballon piqué un but d'anthologie, en décembre 1996.