Débutant le football en région parisienne, à Montreuil-sous-Bois, William Prunier rejoignit ensuite le Paris FC. Attaquant à ses débuts, il fut replacé en défense centrale par François Blaquart, alors CTR de la ligue de Paris. Repéré par les recruteurs de Lille et de Monaco, il choisit de rejoindre le tout nouveau centre de formation de l'AJ Auxerre. Il débuta dans les rangs bourguignons en 1984-1985. Après 9 années de bons et loyaux services, il obtint un bon de sortie de la part de Guy Roux. Il signa en compagnie de son ami Daniel Dutuel à l'Olympique de Marseille.
Rétrogradés en D2 suite à l'affaire VA-OM, les dirigeants marseillais ne pouvaient retenir leur défenseur. Mais comme l'OM avait une dette vis-à-vis de l'AJ Auxerre, le joueur resigna un contrat avec son club formateur avant de rejoindre les Girondins de Bordeaux durant l'été 1994, toujours accompagné par son partenaire Dutuel. Sous les ordres de l'entraîneur portugais Toni, William Prunier connut des débuts difficiles, concurrencé qu'il était par Didier Sénac et Jean-Luc Dogon. Il disputa 25 matches toutes compétitions confondues. Avec le départ de l'ancien Lensois à Toulouse, il retrouva une place de titulaire, au début de la saison 1995-1996.
Mais il ne termina pas la saison à Bordeaux. Cet écorché vif ne supportait plus le contexte bordelais.
En décembre 1995, il rejoignit son ami Eric Cantona à Manchester United qui cherchait des défenseurs centraux. Il ne resta que deux mois à Old Trafford avant de poursuivre sa carrière au Danemark, au FC Copenhague. Puis ce furent des expériences à Montpellier, Naples, Courtrai, Toulouse et enfin Al-Sailiya.
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