Formé à l'AJ Auxerre, Daniel Dutuel accomplit des saisons de grande qualité sous le maillot bourguignon. De quoi attirer l'attention des recruteurs des grands clubs français. Ce fut l'Olympique de Marseille, vainqueur de la Ligue des Champions, qui obtint sa signature en 1993. Il fut accompagné par son coéquipier William Prunier. Mais, suite à l'affaire VA-OM, le club phocéen fut rétrogradé en juin 1994 en D2.

Daniel Dutuel, ne voulant pas évoluer à l'échelon inférieur, signa à Auxerre qui  n'avait pas été intégralement payé par l'OM. Il n'y resta que quelques jours avant de s'engager avec les Girondins de Bordeaux, toujours suivi par Prunier, son coéquipier inséparable.

La première saison de Dutuel sous les ordres de Toni puis de Guérit ne fut guère brillante. En revanche, en 1995-1996, il entra, avec ses coéquipiers, dans l'histoire du club bordelais en accédant à la finale de la coupe de l'UEFA. Buteur lors de la finale retour, il reste le dernier buteur d'une équipe française lors d'une finale de Coupe d'Europe.

Fort de cette épopée européenne, il partit monnayer son talent en Liga, au Celta Vigo. Mais des blessures à répétition gâchèrent la fin de sa carrière aussi bien en Galice, qu'à Valladolid ou à Bellinzona.