Formé au Montpellier HSC, Jérôme Bonnissel découvrit la D1 avec son club formateur. International Espoirs, présenté comme un futur Bleu, il s'exila en Liga pour grandir sportivement. Mais son aventure au Deportivo La Corogne tourna au fiasco. Après une première saison très réussie, il fut cantonné au banc de touche après avoir asséné un coup de tête à un supporter gallicien qui l'insultait.
Tout juste champions de France et rachetés par M6, les Girondins frappèrent un grand coup sur le marché des transferts en arrachant au club espagnol de La Corogne Jérôme Bonnissel et Stéphane Ziani.
Bordeaux espérait enfin avoir trouvé un successeur digne de Bixente Lizarazu. Hélas, après deux premières saisons convenables, le défenseur d'origine héraultaise fut contrarié par de nombreuses blessures. Néanmoins il était toujours très utile dans la vie du groupe, toujours axé vers l'intérêt général. Lors de la saison 2000-2001, il tenait la caisse des amendes avec Marc Wilmots, participant à l'instauration d'une réelle discipline au sein du groupe.
Au terme de sa carrière, il intégra en 2007 la cellule de recrutement des Girondins qu'il quitta en janvier 2016.
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