Après des débuts à l'Aviron Bayonnais, Sylvain Franco intégra le centre de formation des Girondins à l'âge de 15 ans. Il y connut l'ascension classique d'un jeune joueur, remportant le titre de champion de France U15 au terme de sa première saison. Finaliste malheureux du championnat de France des moins de 17 ans, aux côtés de Marouane Chamakh, il commença à pointer le bout de son nez dans l'effectif professionnel, sous la conduite d'Elie Baup. Ce fut finalement Michel Pavon qui lui offrit son premier match en L1, contre Guingamp en janvier 2004.

Prêté au FC Pau pour s'aguerrir (Janvier-Juin 2005), il ne réussit pas, à son retour, à convaincre les responsables bordelais, notamment à cause de blessures récurrentes. Il tira un trait sur sa carrière professionnelle et retourna à Mérignac (DH).