Défenseur central très physique voire violent, Henrique imposait un rapport de force avec ses adversaires. Pas toujours gage de sécurité, il présentait des lacunes techniques et tactiques évidentes. Il comblait son manque vivacité par une abnégation et un engagement de tous les instants qui lui valurent de porter à plusieurs reprises le brassard de capitaine des Girondins et de rester dans le cœur des supporters.

Formé à Flamengo, Carlos Henrique fut recruté durant l'été 2005 par Ricardo, qui fut son entraîneur quelques mois dans le grand club carioca. Venu pour remplacer Kapsis, son arrivée en Gironde était due aux tarifs exorbitants réclamés pour Naldo (Juventude) et Fabao (Sao Paulo), pistes prioritaires du nouvel entraîneur bordelais.

Ses débuts en marine et blanc furent difficiles puisqu'il fut longtemps cantonné dans un rôle de remplaçant, même s'il avait été voulu par Ricardo. La concurrence de Planus et d'Afanou était trop forte pour ce jeune défenseur, qui devait se familiariser avec le jeu européen.

Peu utilisé, il hésita à retourner à Flamengo mais le déclic sembla intervenir quand, lors de la finale de la Coupe de la Ligue 2007, il inscrivit le but vainqueur qui offrit le trophée aux Girondins. Malheureusement pour lui, il se blessa par la suite gravement (rupture des ligaments croisés du genou) et fut absent durant 8 mois.

Confronté à la concurrence de Diawara, puis de Ciani, il ne joua que quelques rencontres avant de se déchirer les adducteurs. Sur la touche pendant 11 mois, il revint à force de courage et finit par s'imposer comme titulaire à partir d'août 2011.

Très apprécié des supporters pour son attachement au club bordelais, il annonça en mai 2014 sa décision de rejoindre le Brésil pour des raisons familiales. « Je suis arrivé à Bordeaux comme un gamin, je pars maintenant comme un homme ».