Remarqué à Cenon par les recruteurs des Girondins, Kodjo Afanou intégra le centre de formation du Haillan et grimpa tous les échelons jusqu'à l'équipe première. Âgé de 18 ans, il fut lancé chez les pros par Gernot Rohr lors de la dernière journée du championnat 1995-1996, pour pallier les absences de Croci ou de Dogon.
Mais il dut attendre la saison 1997-1998 pour être véritablement installé dans l'équipe. L'année du titre, Elie Baup lui préféra le duo Alicarte-Saveljic. Néanmoins il participa amplement à cette conquête (19 matches de championnat). Les saisons suivantes, Kodjo s'affirma comme titulaire, successivement aux côtés de Roche, Sommeil ou Planus.
À la surprise générale, durant le mercato estival 2003, il demanda à être prêté dans les Emirats, à Al-Ain, afin de vivre dans un pays musulman et être en phase avec lui-même. Déçu par son expérience dans le Golfe malgré une victoire finale en Coupe d'Asie, il revint à Bordeaux en décembre 2003 mais ne joua que 5 matches en L1, ignoré par Michel Pavon. Reparti pour une nouvelle saison 2004-2005 en Gironde, il resta dans l'ombre de la charnière Planus-Kapsis. Sous la houlette de Ricardo qui lui faisait confiance, il retrouva du temps de jeu lors de la première partie de la saison 2005-2006.
Mais il résilia définitivement son contrat en janvier 2006 et mit sa carrière professionnelle entre parenthèses. Il retrouva une équipe en Turquie, à Gaziantepspor, avant de finir sa carrière en Arabie Saoudite (Al Hazm Rass).
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