Débutant le football à Ferney-Voltaire, Jean-Christophe Thouvenel porta ensuite les couleurs du Servette Genève (1972-1978), ville où travaillaient ses parents. Il y signa son premier contrat professionnel. Il décrocha une Coupe de Suisse en juin 1978. Quelques semaines plus tard, convoité également par Bastia, il fut dirigé par une connaissance du président parisien Roger Zeppelini, vers le Paris FC sous la forme d'un prêt. S'il accomplit une saison correcte, il retourna en Suisse, le PFC descendant en D2. Nice et Marseille montrèrent alors un semblant d'intérêt.
Mais ce furent les dirigeants bordelais qui flairèrent la bonne affaire et lui proposèrent de faire un essai en Coupe des Alpes, un essai vite validé par Luis Carniglia et conclu en transfert définitif. À l'orée de la saison 1979-1980, il prit immédiatement le poste de titulaire sur le côté droit de la défense, profitant de la grave blessure de Lalanne. Mais il fut ensuite aligné à différents postes. Cette polyvalence freina sa progression. Une fois fixé dans le couloir droit, ce fut le départ d'un long bail. Chaque saison, Toutou ne laissait aucune chance à ses concurrents et accompagna le club dans son incroyable progression de l'ère Bez-Jacquet.
Convoité très fréquemment par l'AS Monaco, il resta longtemps fidèle aux Girondins. Il fut de toutes les conquêtes (3 fois champion de France, 2 Coupes de France) et de toutes les campagnes européennes (2 fois demi-finaliste de la Coupe d'Europe). Seule la saison 1983-1984 le vit un peu moins jouer régulièrement du fait de l'arrivée de Patrick Battiston. Mais quand l'ancien Messin remplaça Marius Trésor parti à la retraite, Jean-Christophe Thouvenel retrouva sa place.
Au niveau international, Michel Hidalgo et Henri Michel lui donnèrent de rares occasions de s'exprimer. Sous le maillot frappé du coq, il ne parvint pas à supplanter la concurrence, il faut dire très relevée (Battiston, Ayache, Bibard). Mais sa victoire au tournoi olympique de Los Angeles lui apporta beaucoup de bonheur en sélection.
En 1991, âgé de 33 ans, il tourna la page bordelaise et signa au Havre pour terminer sa carrière. A l'issue de celle-ci, il revint dans la région bordelaise, jouant à Mérignac puis à Podensac. Parallèlement à ce retour dans le monde amateur, il se consacra à une galerie d'art, à un bar et à un restaurant ouverts sur Bordeaux. Mais en 1999, il revendit tout pour se lancer dans le management de joueurs. Titulaire de diplômes d'entraîneur, il entraîna un temps la modeste formation de Podensac (DHR) puis celle de Saint-Médard-d'Eyrans.
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