Fils d'un excellent joueur de CFA, Philippe Vercruysse signa sa première licence en pupilles au RC Lens. Champion de France cadets, finaliste malheureux en Coupe Gamberdella, il débuta en professionnels au sein de son club formateur. Des débuts remarqués qui attirèrent les convoitises des plus grands clubs français mais ce furent les Girondins qui parvinrent à l'attirer dans leurs filets en 1986, après avoir échoué en 1985, le jeune Lensois préférant rester avec ses copains.
Son recrutement orchestré par Didier Couécou et Claude Bez fut scellé tôt dans la saison, bien avant le début de la coupe du Monde 1986, à laquelle il participa. Giresse parti sous d'autres cieux, la responsabilité de la construction du jeu incomba à Vercruysse et à Ferreri, les deux jeunes joueurs en vogue du football français. L'ancien Lensois réalisa une bonne première saison, ponctuée par le doublé coupe-championnat en 1987, lors de laquelle il disputa 40 matches pour 14 buts marqués. Le début de la saison suivante fut plus difficile.
Relégué sur le banc par Aimé Jacquet, il demanda à retourner en prêt à Lens pour se relancer. En manque de solutions en défense centrale, les Girondins en profitèrent pour inclure dans l'accord la venue de Didier Sénac. Au terme de cette saison 1987-1988, Bernard Tapie parvint à un accord avec son meilleur ennemi Claude Bez, incluant Bernard Genghini, et recruta Vercruysse qui remporta notamment trois titres de champion de France.
Mais il était dit que l'histoire de Vercruysse avec les Girondins n'était pas achevée puisqu'en juillet 1993, le meneur de jeu revint à Bordeaux, à l'issue d'une saison catastrophique avec Nîmes, relégué en D2. Il fut à la hauteur de sa réputation en jouant 42 matches pour 12 buts lors de son deuxième passage en Gironde. Aux côtés des jeunes pousses Lizarazu, Zidane et Dugarry, il décrocha une belle quatrième place et un honorable parcours européen (huitièmes de finale).
En septembre 1994, il quitta définitivement Bordeaux pour signer au FC Metz.
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