Arrivé à l'âge de 18 ans à Monaco en provenance du SK Hradec Králové, Jaroslav Plasil découvrit la première division française sous le maillot monégasque. Après un prêt à Créteil, il s'affirma dans l'équipe du Rocher, sans devenir un titulaire indiscutable. En 2007, il partit découvrir la Liga avec le club d'Osasuna.
Champions de France 2009, les Girondins recrutèrent ce joueur expérimenté afin, notamment, d'être plus solides en Ligue des champions. Dès sa première saison, il s'imposa comme un joueur majeur de l'effectif malgré une forte concurrence. Il ne parvint pas à enrayer la spirale de défaites de la deuxième partie de la saison 2009-2010.
Les saisons suivantes, il assuma le rôle de leader avec les départs des joueurs cadres du titre, aussi bien sous les ordres de Tigana, de Pavon ou de Gillot, qui le désigna capitaine. Il eut ainsi le privilège de soulever la Coupe de France 2013. A l'issue de cette belle saison, il demanda à être prêté à Catane, en Série A.
Il effectua son retour à Bordeaux en 2014, où Willy Sagnol, le nouvel entraîneur, le libéra un peu des tâches défensives en lui associant une sentinelle (Sané, Chantôme ou Yambéré). Les ultimes saisons avec Gourvennec ou Poyet le virent décliner lentement et rentrer dans le rang. Il stoppa sa carrière en 2019.
Désireux de se reconvertir comme entraîneur, il trouva une place d'entraîneur-adjoint au sein du staff de l'équipe réserve des Girondins en juillet 2020. Mais quelques semaines plus tard, Jean-Louis Gasset, venu remplacer Paulo Sousa, lui demanda de le rejoindre dans le staff de l'équipe première. Une rude tâche les attendait... Après une saison très terne, les Girondins sauvèrent à la dernière journée leur place en L1.
Avec l'arrivée de Gérard Lopez, Jaroslav Plasil garda son poste d'adjoint, cette fois-ci auprès de l'ancien sélectionneur de la Suisse, Vladimir Petkovic. Mais la première moitié de la saison fut si catastrophique (Bordeaux en position de relégable) que Lopez décida, en février 2022, de mettre à pied Petkovic et de confier provisoirement la gestion de l'équipe première à Plasil... en attendant l'arrivée de David Guion...
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