Né en Algérie, Jean Fernandez et sa famille furent obligés, à la fin de la guerre d'Algérie, de tout abandonner sur place. Après 6 mois d'exil en Espagne, ils débarquèrent à Cers dans l'Hérault. Vivant dans le dénuement le plus total, Jean devait travailler tôt le matin avant de partir à l'école. Il débuta le football à Portiragnes avant de rejoindre l'AS Béziers en 1972. Soutien de famille à 17 ans et demi, après le décès de son père, il signa son premier contrat professionnel avec le club héraultais et découvrit la Deuxième division. Ses bonnes prestations, notamment lors d'un tour de Coupe de France qui vit Béziers éliminer l'OM, attirèrent les recruteurs phocéens, qui le firent signer en 1975.
En fin de contrat en juin 1980, il quitta le club phocéen relégué en D2 et rejoignit les Girondins, la même année que Marius Trésor, René Girard, François Bracci et Aimé Jacquet.
Il réussit à s'imposer au poste de sentinelle et fut un des grands artisans de la bonne saison 1980-1981. Malgré l'arrivée de Jean Tigana durant l'été 1981, il continua à être fréquemment aligné par Aimé Jacquet.
Il quitte la Gironde après deux belles années, conscient que son temps de jeu allait diminuer. Mais sa future carrière d'entraîneur s'inspira fortement des concepts d'Aimé Jacquet. Son nom fut à plusieurs reprises évoqué pour venir entraîner les Girondins sans trouver de concrétisation.
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